Cabang Pelabuhan Jumlah Lintasan Nama Lintasan
Sumatera
1. Sabang   1 1. Lamteeng - Ule Lheue
2. Sinabang   1 1. Lamteeng - Ule Lheue
3. Sibolga   5 1. Sibolga - Nias
2. Sibolga - Teluk Dalam
3. Teluk Dalam - Pulo Tello
4. Danau Toba - Nainggolan
5. Nainggolan - Balige
4. Padang   3 1. Padang - Sikakap
2. Padang - Tuapejat
3. Padang - Siberut
5. Batam 1. Telaga Pungkur
2. Tanjung Uban		 3 1. Telaga Pungkur - Tanjung Uban
2. Dumai - Rupat
3. Karimun - Mengkapan
6. Bangka 1. Tanjung Kelian 3 1. Palembang - Muntok
2. Tanjung Siapi Api - Muntok
3. Sadai - Tanjung Rhu
7. Bengkulu   1 1. Bengkulu - Pulau Enggano
8. Bakauheni 1. Bakauheni 1 1. Merak Bakauheni
Jawa
9. Merak 1. Merak 1 1. Merak - Bakauheni
10. Jepara   1 1. Jepara - Karimunjawa
11. Surabaya 1. Ujung
2. Kamal		 1 1. Ujung - Kamal
12. Ketapang 1. Ketapang
2. Gilimanuk		 1 1. Ketapang - Gilimanuk
Kalimantan
13. Pontianak   1 1. Rasaujaya - Teluk Batang
14. Batulicin 1. Batulicin
2. Tanjung Serdang		 1 1. Batulicin - Tanjung Serdang
15. Balikpapan 1. Penajam
2. Mamuju		 3 1. Kariangau - Penajam
2. Balikpapan - Taipa
3. Tarakan - Toli Toli
NTT / NTB
16. Lembar 1. Lembar
2. Padangbai		 1 1. Padangbai - Lembar
17. Kayangan 1. Kayangan
2. Pototano		 1 1. Lembah Lombok - Pototano
18. Sape 1. Sape
2. Labuhan Bajo		 2 1. Sape - Labuhan Bajo
2. Sape - Waikelo
19. Kupang 1. Bolak
2. Rote
3. Larantuka		 18 1. Kupang - Larantuka
2. Kupang - Waingapu
3. Kupang - Sabu
4. Kupang - Rote
5. Kupang - Aimere
6. Kupang - Kalabahi
7. Aimere - Waingapu
8. Waingapu - Sabu
9. Ende - Waingapu
10. Kupang - Ende
11. Kupang - Luwoleba
12. Larantuka - Waiwerang
13. Waiwerang - Lewoleba
14. Baranusa - Kalabahi
15. Baranusa - Lewoleba
16. Larantuka - Lewoleba
17. Kalabahi - Lewoleba
18. Kalabahi - Larantuka
Sulawesi
20. Selayar   9 1. Bira - Pamatata
2. Bira - Tondasi
3. Bira - Sikeli
4. Sikeli - Tondasi
5. Bira - Patumbukan
6. Patumbukan - Jampea
7. Jampea - Labuhan Bajo
8. Bira - Labuhan Bajo
9. Patumbukan - Labuhan Bajo
21. Bajoe 1. Bajoe
2. Kolaka		 1 1. Bajoe - Kolaka
22. Bau-Bau   2 1. Torobulu - Tampo
2. Bau-Bau - Wara
23. Siwa    1 1. Siwa - Lasusua
24. Luwuk 1. Pagimana  5 1. Pagimana - Gorontalo
2. Luwuk - Salakan
3. Salakan - Banggai
4. Gorontalo - Wakai
5. Wakai - Ampana
25. Bitung 1. Bitung  5 1. Bitung - Ternate
2. Bitung - Pananaro
3. Bitung - Siau
4. Bitung - P. Lembe
5. Bitung - Melanguane
Maluku
26. Ternate 1. Bastiong
2. Rum
3. Sidangole		 7 1. Bastion - Sidangole
2. Bastiong - Rum
3. Tobelo - Daroba
4. Tobelo - Subaim
5. Bastion - Sofifi
6. Bastiong - Babang
7. Bastiong - Batang Dua
27. Ambon 1. Poka
2. Galala
3. Hunimua
4. Waipirit
5. Namlea		 14 1. Hunimua - Waipirit
2. Poka - Galala
3. Galala - Namlea
4. Tuleha - Pelauw
5. Pelauw - Umeputih
6. Umeputih - Wailey
7. Tulehu - Saparua
8. Suaparua - Nalahia
9. Nalahia - Amahai
10. Namlea - Ambalau
11. Ambalau - Wamsisi
12. Ambalau - Namrole
13. Namrole - Leksula
14. Namlea - Sanana
28. Tual   5 1. Tual - Larat
2. Larat - Saumlaki
3. Saumlaki - Tepa
4. Tual - Dobo
5. Dobo - Benjina
Papua
29. Sorong   11 1. Sorong - Saonek
2. Saonek - Kabarai
3. Sorong - Waigama
4. Sorong - Seget
5. Seget - Seremuk
6. Seremuk - Konda
7. Konda - Teminabuan
8. Teminabuan - Mugin
9. Mugin - Kais
10. Kais - Inwatan
11. Inwatan - Kokoda
30. Biak   5 1. Biak - Numfor
2. Numfor - Manokwari
3. Biak - Serui
4. Serui - Waren
5. Waren - Nabire
31. Merauke   14 1. Bade - Moor
2. Moor - Kepi
3. Merauke - Atsy
4. Atsy - Asgon
5. Atsy - Senggo
6. Atsy - Agats
7. Merauke - Kimaam
8. Kimaam - Bade
9. Bade - Getentiri
10. Getentiri - Tanah Merah
11. Merauke - Kimaam
12. Kimaam - Bade
13. Bade - Getentiri
14. Getentiri - Tanah Merah