Cabang Pelabuhan Jumlah Lintasan Nama Lintasan
Sumatera
1. Sabang   2 1. Balohan - Ule Lheue
2. Lamteeng - Ule Lheue
       
2. Sinabang   4 1. Sinabang - Labuhan Haji
2. Sinabang - Singkil
3. Singkil - Pulau Banyak
4. Singkil - Gunung Sitoli
       
3. Sibolga   3 1. Sibolga - Nias
2. Sibolga - Teluk Dalam
3. Teluk Dalam - Pulo Tello
       
4. Padang   3 1. Padang - Sikakap
2. Padang - Tuapejat
3. Padang - Siberut
       
5. Batam 1. Telaga Pungkur
2. Tanjung Uban		 2 1. Telaga Pungkur - Tanjung Uban
2. Tanjung Balai Karimun - Mengkapan
       
6. Bangka 1. Tanjung Kelian 2 1. Palembang - Muntok
3. Sadai - Tanjung Rhu
       
7. Bengkulu   1 1. Bengkulu - Pulau Enggano
       
8. Bakauheni 1. Bakauheni 1 1. Bakauheni - Merak
Jawa
9. Merak 1. Merak 1 1. Merak - Bakauheni
       
10. Jepara   1 1. Jepara - Karimunjawa
       
11. Surabaya 1. Ujung
2. Kamal		 1 1. Ujung - Kamal

     
12. Ketapang 1. Ketapang
2. Gilimanuk		 1 1. Ketapang - Gilimanuk
Kalimantan
13. Pontianak   5

1. Rasaujaya - Telok Batang
      2. Tebas Kuala - Tebas Seberang
      3. Tanjung Harapan - Telok Kalong
      4. Parit Sarem - Sungai Nipah
      5. Tayan - Teraju
       
14. Batulicin 1. Batulicin
2. Tanjung Serdang		 1

1. Batulicin - Tanjung Serdang
2. Batulicin - Garongkong
       
15. Balikpapan 1. Penajam
2. Mamuju		 4 1. Kariangau - Penajam
2. Balikpapan - Mamuju
3. Balikpapan - Taipa
4. Tarakan - Toli Toli
NTT / NTB
16. Lembar 1. Lembar
2. Padangbai		 1 1. Padangbai - Lembar
       
17. Kayangan 1. Kayangan
2. Pototano		 1 1. Lembah Lombok - Pototano
       
18. Sape 1. Sape
2. Labuhan Bajo		 2 1. Sape - Labuhan Bajo
2. Sape - Waikelo
       
19. Kupang 1. Bolok
2. Rote
3. Larantuka		 19 1. Kupang - Larantuka
2. Kupang - Rote
3. Kupang - Waingapu
4. Kupang - Sabu
5. Kupang - Aimere
6. Kupang - Kalabahi
7. Kupang - Ende
8. Kupang - Lewoleba
9. Ende - Waingapu
10. Aimere - Waingapu
11. Sabu - Waingapu
12. Larantuka - Waiwerang
13. Waiwerang - Lewoleba
14. Baranusa - Kalabahi
15. Lewoleba - Baranusa
16. Larantuka - Lewoleba
17. Kalabahi - Lewoleba
18. Kalabahi - Larantuka
19. Kalabahi - Teluk Gurita
Sulawesi
20. Selayar   6 1. Bira - Pamatata
2. Bira - Tondasi
3. Bira - Sikeli
4. Bira - Patumbukan
5. Patumbukan - Jampea
6. Jampea - Labuhan Bajo
       
21. Bajoe 1. Bajoe
2. Kolaka		 1 1. Bajoe - Kolaka
       
22. Bau-Bau   5 1. Bau-Bau - Wara
2. Torobulu - Tampo
3. Bau-Bau - Dongkala
4. Kendari - Wowoni
5. Dongkala - Mawasangka
       
23. Siwa    1 1. Siwa - Lasusua
       
24. Luwuk 1. Pagimana  6 1. Pagimana - Gorontalo
2. Luwuk - Salakan
3. Salakan - Banggai
4. Gorontalo - Wakai
5. Wakai - Ampana
6. Banggai - Taliabu
       
25. Bitung 1. Bitung  6 1. Bitung - Ternate
2. Bitung - Pananaru
3. Bitung - Siau
4. Bitung - Melanguane
5. Melanguane -  Miangas
6. Pananaru - Marore
Maluku
26. Ternate 1. Bastiong
2. Rum
3. Sidangole		 8

1. Bastion - Sidangole
2. Bastiong - Rum
3. Bastiong - Sofifi
4. Bastiong - Babang
5. Bastiong - Batang Dua
6. Tobelo - Daroba
7. Tobelo - Subaim
8. Dowora - Sofifi
       
27. Ambon 1. Poka
2. Galala
3. Hunimua
4. Waipirit
5. Namlea		 16 1. Hunimua - Waipirit
2. Poka - Galala
3. Galala - Namlea
4. Tulehu - Kailolo/Pelauw
5. Kailolo/Pelauw - Umeputih
6. Umeputih - Wailey
7. Tulehu - Nalahia
8. Nalahia - Amahai
9. Galala - Ambalau
10. Ambalau - Wamsisi
11. Wamsisi - Namrole
12. Namlea - Ambalau
13. Namrole - Leksula
14. Namlea - Sanana
15. Sanana - Mangole
16. Mangole - Bobong
       
28. Tual   8

1. Tual - Larat
2. Larat - Saumlaki
3. Tual - Tayandu
4. Tayandu - Kur
5. Tual - Dobo
6. Dobo - Benjina
7. Benjina - Tabarfane
8. Dobo - Jerol
Papua
29. Sorong   15

1. Sorong - Saonek
2. Saonek - Waisai
3. Waisai - Kabarai
4. Sorong - Linmalas
5. Linmalas - Waigama
6. Sorong - Foley
7. Foley - Harapan Jaya
8. Sorong - Seget
9. Seget - Seremuk
10. Seremuk - Konda
11. Konda - Teminabuan
12. Teminabuan - Mugim
13. Mugim - Kais
14. Kais - Inwatan
15. Inwatan - Kokoda
       
30. Biak   6 1. Biak - Numfor
2. Numfor - Manokwari
3. Biak - Serui
4. Serui - Waren
5. Waren - Nabire
6. Manokwari - Mokmer
       
31. Merauke   10 1. Bade - Moor
2. Moor - Kepi
3. Merauke - Kimaam
4. Kimaam - Bade
5. Bade - Getentiri
6. Getentiri - Tanah Merah
7. Merauke - Atsy
8. Atsy - Asgon
9. Atsy - Senggo
10. Atsy - Agats